Situato a lato delle rovine della fortezza romana di Babilonia, il Museo Copto offre una collezione unica di pezzi artistici e reperti dedicati a questa tradizione religiosa ed una esposizione sulla storia della religione cristiana in Egitto. La chiesta coopta ortodossa è separata da quella greca e turca e dalla Chiesa Cattolica per via della differente concezione teologica sulla natura di Cristo e dello Spirito Santo. La religione cristiana coopta divenne dominante in Egitto sotto l'impero Romano, prima dell'avvento dell'Islam nel VII° sec. d.C. L'unicità del percorso della religione cristiana in Egitto è fieramente difesa dalla Chiesa Coopta a tutt'oggi.
Il museo ospita la più grande collezione al mondo di opere d'arte e reperti coopti risalenti ad un periodo di grande cambiamento nella storia dell'Egitto. La storia della religione cristiana coopta porta con sè la reciproca interazione di un vasto numero di religioni e culture, tra cui le antiche divinita' egizie, i riti pagani dell'antica Roma e dell'antica Grecia, il primo periodo cristiano e l'Islam. Vi si potrà notare la non casualità della somiglianza tra la croce ansata - antico simbolo sacro nella religione egizia - e la croce cristiana.
Il museo venne fondato negli anni’10 del XX sec. ma completato solo alla fine degli anni ’40 e danneggiato dal terremoto del 1992, cui segui’ un importante processo di restauro. La ricchezza della sua presentazione delizia i tanti visitatori che vi si recano ogni anno: non solo le collezioni ma lo stesso edificio incarna lo stile copto, abbellito da preziosi soffitti intarsiati, volte, mashrabie (finestre in legno tipiche dell’arte islamica) e un elegante giardino interno.