La moschea prende il nome da Al-Hakim, uno dei sovrani più stravaganti nella storia egiziana. Al Hakim divenne re a 11 anni e rimase in carica per 24 anni. Decisamente crudele, fece assassinare o torturare molti membri della sua famiglia e dei suoi collaboratori. Al Hakim comunque si interessava alle condizioni della popolazione e spesso vagava per Il Cairo a bordo del suo asino. Una notte sparì e il suo corpo non fu mai ritrovato. La moschea in suo onore fu inaugurata nel 1013 ed è una delle moschee più antiche del Cairo. In realtà fu utilizzata poco come luogo di culto, impiegata invece come magazzino, prigione per i crociati, scuola e poi manicomio.
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